בדיקת  הקריוטיפ , שהיא הבדיקה שנערכה עד כה בבדיקת מי השפיר הרגילה, נעשית בהסתכלות במיקרוסקופ על הכרומוזומים שבתא. היא נועדה לבחון את מספר הכרומוזומים ("הספרים") ואת המבנה הייחודי של כל כרומוזום. יכולת הגילוי בבדיקה זו מוגבלת על ידי יכולת המיקרוסקופ לזהות רק שינויים גדולים יחסית במבנה הכרומוזומים. שינויים כאלה יכולים לכלול חוסרים או עודפים של מספר גנים גדול. (תסמונת דאון למשל, היא תוספת של כרומוזום אחד שלם). כבדיקת שגרה, שיטה זו היתה מספקת בהחלט, ותשובה תקינה שלה מבטיחה ברמה גבוהה מאד של אמינות שלעובר אין בעיה משמעותית הקשורה למבנה הכרומוזומים.

​

היא הוחלפה בשיטת הצ'יפ הגנטי שהפכה לסטנדרט המקובל בכל בדיקות מי השפיר.